Περιεχόμενο

• Επισκόπηση λογισμικού
• Υποστηριζόμενους τύπους αρχείων
• Πρωτοβάθμια επέκταση αρχείου
• Άλλες επεκτάσεις αρχείων που χρησιμοποιούνται από το Integrated Genome Browser 9

Εκδοχή (από τις 26/2/2016)	9
Πλατφόρμες
Αδεια	Ανοιχτή πηγή
Κατηγορία	Επιστημονικός

Περισσότερες πληροφορίες (επισκεφτείτε τον ιστότοπο του εκδότη)

Εκτίμηση: 2.8 / 5 (6 ψήφοι)

Επισκόπηση λογισμικού

Κύρια χαρακτηριστικά

• Υποστηρίζει διάφορες μορφές γονιδιώματος όπως το GenBank και το FASTA
• Αλληλεπίδραση με δεδομένα με κινούμενα σχέδια μεγέθυνσης και κλιμάκωσης
• Πρόσβαση και φόρτωση γονιδιωμάτων από τοποθεσίες QuickLoad
• Μετατρέψτε τα δεδομένα σε διάφορες μορφές γραφημάτων
• Μοιραστείτε δεδομένα με συνεργάτες μέσω του Dropbox
• Εγκαταστήστε πρόσθετα για πρόσθετες λειτουργίες

Ο ολοκληρωμένος περιηγητής γονιδίων (IGB) είναι ένα πρόγραμμα ανοιχτού κώδικα που χρησιμοποιείται για την προβολή και διερεύνηση μεγάλων γονιδιωματικών δεδομένων. Μπορείτε να δείτε διάφορες μορφές δεδομένων, να αλληλεπιδράσετε με τα δεδομένα σας, να δημιουργήσετε γραφήματα, να αποθηκεύσετε τις πληροφορίες σας ως εικόνες και να μοιραστείτε τα δεδομένα σας με συνεργάτες.

Το IGB σάς επιτρέπει να βλέπετε δεδομένα από σχολιασμούς και ευθυγραμμισμένες ακολουθίες. Το πρόγραμμα υποστηρίζει μια ποικιλία μορφών όπως τα FASTA, BAM, BEDGRAPH, BigWIG, Cytoband και GenBank. Μπορείτε να πάρετε δεδομένα και να τα μετατρέψετε σε μια ποικιλία μορφών γραφημάτων, συμπεριλαμβανομένων γραφημάτων αναντιστοιχίας για την επισήμανση διαφορών δεδομένων και γραφήματα βάθους για την εμφάνιση κάλυψης. Μπορείτε επίσης να αλληλεπιδράσετε με τα δεδομένα σας μέσω των κινούμενων εικόνων zoom και panning του IGB.

Το IGB σάς δίνει τη δυνατότητα πρόσβασης και φόρτωσης γονιδιωμάτων από τοποθεσίες QuickLoad, τα οποία είναι απλά συστήματα καταλόγων, ακολουθιών και άλλων αρχείων δεδομένων για σκοπούς απεικόνισης. Η IGB παρέχει προηγμένη λειτουργικότητα με υποστήριξη plugin για να προσθέσει λειτουργικότητα και αυτοματοποίηση της ροής εργασιών μέσω της χρήσης σεναρίων. Το IGB σας δίνει επίσης και προηγμένες δυνατότητες για την κοινή χρήση των δεδομένων σας, είτε πρόκειται για δημοσίευση ως εικόνα JPEG, PNG ή SVG υψηλής ποιότητας, είτε για αποθήκευση δεδομένων στο Dropbox για να δοθεί στους συνεργάτες σας πρόσβαση στο έργο σας.

Το IGB χρησιμοποιείται κυρίως από πανεπιστημιακούς ερευνητές, βιολόγους και βιοπληροφορικούς. Παρέχει προηγμένα εργαλεία για το άνοιγμα ποικιλίας μορφών δεδομένων γονιδιώματος, την οπτικοποίηση δεδομένων ως διαφορετικά γραφήματα και την ανταλλαγή δεδομένων με συνεργάτες. Δυστυχώς, το πρόγραμμα βασίζεται σε επιχορηγήσεις για συνεχή ανάπτυξη, πράγμα που σημαίνει ότι η υποστήριξη για την εφαρμογή θα μπορούσε να σταματήσει ανά πάσα στιγμή. Ωστόσο, το Integrated Genome Browser εξακολουθεί να είναι ένα ικανό, προσαρμόσιμο πρόγραμμα για χρήστες που αναζητούν να διερευνήσουν και να αναλύσουν τα δεδομένα γονιδιώματός τους.

Υποστηριζόμενους τύπους αρχείων

Πρωτοβάθμια επέκταση αρχείου

.XML - αρχείο XML

Άλλες επεκτάσεις αρχείων που χρησιμοποιούνται από το Integrated Genome Browser 9

Υποστηριζόμενους τύπους αρχείων
.ΚΡΕΒΑΤΙ	UCSC BED Παρακολούθηση αρχείου
.DAS	Σύνοδος ανάλυσης DeltaMaster
.ΦΑ	FASTA μορφοποιημένο αρχείο ακολουθίας
.FAS	Αρχείο αλληλουχίας FASTA
.FASTA	Αρχείο αλληλουχίας FASTA
.ΓΙΓΑΜΠΑΪΤ	Αρχείο δεδομένων GenBank
.SGR	Αρχείο δεδομένων γονιδιώματος SGR
.USEQ	USeq Αρχείο δεδομένων γονιδιώματος